Naviguer dans les articles du COVID-19 avec Geotrend

En partenariat avec Allen Institute, les principaux éditeurs du domaine médical ont sorti il y a quelques semaines plusieurs milliers d’articles scientifiques autour du coronavirus (https://bit.ly/2UBUcyW). Geotrend a analysé ces articles et vous propose un accès gratuit à toutes ses fonctionnalités pour naviguer dans ces articles:

https://app.geotrend.fr/market/eb112619-f867-4d77-8ea7-456646a713bb 

Pour ceux qui ne connaissent pas Geotrend, nous avons développé une plateforme de découverte de marché permettant :

  • Une analyse en temps réel de plusieurs milliers de pages web correspondant à la recherche de l’utilisateur
  • Une analyse par des modèles d’Intelligence Artificielle de pointe permettant d’extraire des acteurs économiques, les relations qui les lient (partenariat, compétition, etc.), des dates (implicites ou explicites), des lieux, etc.
  • Un accès à tous les résultats de manière interactive permettant de combiner plusieurs filtres afin d’accéder rapidement à l’information sur plusieurs vues.
 

Concrètement, qu’est-ce que je peux faire ?

 

Première chose, cliquez sur ce lien:
https://app.geotrend.fr/market/eb112619-f867-4d77-8ea7-456646a713bb

Vous aurez alors accès à ce qu’on appelle “une recherche” sur Geotrend. Il s’agit d’un espace interactif permettant de croiser des filtres et des vues pour comprendre et accéder facilement aux informations contenues dans des milliers de documents.

Commençons par présenter les différentes vues de la plateforme :

 

La vue Relationships :

C’est la vue affichée par défaut lorsque vous ouvrez une recherche sur Geotrend. Dans le cas des articles scientifiques sur le coronavirus, il y a deux types de noeuds:

  • Les auteurs des articles
  • Les institutions d’affiliation de ces auteurs. 


Plus un auteur ou une institution publie des articles, plus gros sera le noeud correspondant. Par exemple, dans la figure ci-dessous on voit que les principales institutions qui ont publié des articles sur le coronavirus sont la Chinese Academy of Sciences, luniversité de Californie et les National Institutes of Health, alors que les principaux auteurs sont Ralph Baric, Christian Drosten et Volker Thiel.

graph relationship de Geotrend sur le covid 19

Une relation entre deux noeuds est créée si les deux acteurs correspondants (auteur ou institution) ont publié ensemble un même article. Là encore, il y a deux types de relations:

  • En bleu, les relations d’affiliation entre un auteur et son institution de rattachement
  • En vert, les relations de partenariats entre deux auteurs ou deux institutions qui ont collaboré pour publier ensemble un même article.

La particularité de Geotrend c’est que toutes ces vues sont interactives. Cela veut dire que vous pouvez jouer avec le graphe, le réorganiser, le modifier, l’exporter mais surtout cliquer sur un noeud ou une relation pour voir tous les documents qui l’instancient. Par exemple, dans la figure ci-dessous j’ai cliqué sur le noeud correspondant à l’Institut Pasteur. On peut alors voir tous les auteurs et toutes les institutions qui sont en lien avec cet acteur ainsi que toutes les publications auxquelles l’institut a participé (dans le panel de droite). Si un article nous intéresse alors on peut cliquer dessus pour le visiter sur la page de l’éditeur.

 

 

graph vue relationship avec panneau de références de geotrend sur le covid 19

La vue documents :

Il s’agit d’une vue qui affiche tout simplement tous les documents analysés dans cette recherche (ici les articles scientifiques du corpus CORD-19). Je vais profiter de cette vue pour introduire une deuxième façon d’interagir avec la plateforme Geotrend qui est d’ailleurs accessible sur toutes les autres vues. Il s’agit de la barre des filtres qui est par défaut cachée mais qu’on peut activer en cliquant sur la barre blanche juste en dessous du drapeau de la langue. On peut utiliser plusieurs filtres comme le nom de la revue, le nom de l’acteur, la date de publication, etc. Dans la figure ci-dessous j’ai voulu afficher tous les articles publiés dans la revue Plos One.

graph vue documet de geotrend sur le covid 19

La vue Map :

Cette vue permet de voir les principaux pays qui ont contribué dans la recherche sur le coronavirus. Nous avons récupéré l’information sur le pays à partir de l’adresse de l’institution d’affiliation présente sur chaque papier. Cela permet de visualiser les articles du CORD-19 sur une carte géographique et de croiser ces informations géographiques avec tous les autres filtres disponibles sur la plateforme Geotrend. 

graph vue maps de geotrend sur le covid 19

Tout comme toutes les autres vues, on peut sortir le panel des documents à droite. Pour cela, il suffit de cliquer sur un pays pour afficher tous les articles publiés par une institution de ce pays.

La vue Keywords :

Cette vue permet d’afficher un nuage de mots utilisés dans les articles scientifiques analysés. Je vais profiter de cette vue pour utiliser le filtre des dates. La figure ci-dessous montre les principaux mots clés utilisés dans les articles publiés entre 2002 et 2005. On voit clairement que le mot clé SARS était très utilisé dans les articles de l’époque. Là encore, on peut afficher les articles correspondant à un mot clé donné en cliquant dessus. Et si on veut chercher un autre mot qui n’est pas présent dans cette vue, on peut tout simplement utiliser la case search tout à droite.

graph vue keywords de geotrend sur le covid 19

La vue Domains :

Cette vue permet d’afficher les noms de domaines des documents et de désactiver un domaine qui pourrait ne pas nous intéresser. Dans le cas du corpus CORD-19, les noms de domaines sont tout simplement les éditeurs qui ont participé à cette initiative. On voit la majorité des articles viennent de PMC et de Elsevier.

graph geotrend vue domains

La vue Figures :

Cette vue permet de présenter les valeurs monétaires détectées dans les documents analysés. Cela est utile dans l’analyse de documents économiques mais pas dans l’exploration d’articles scientifiques. Nous l’avons tout même gardée pour les documents du CORD-19 et trouvons quelques valeurs monétaires.

key figures view geotrend covid 19

Conclusion :

Afin de participer à l’effort planétaire de lutte contre le coronavirus, Geotrend a travaillé sur la mise à disposition des articles scientifiques du corpus CORD-19 à travers un accès gratuit à toutes les fonctionnalités de sa plateforme. Nous espérons que cela pourra être utile à des personnes qui ont le même objectif que nous. Nous pensons que l’interactivité que permet la plateforme peut aider des scientifiques à trouver rapidement l’article qui les intéresse, mais aussi des organismes publics à trouver les auteurs ou les institutions à subventionner ou mêmes le citoyen lambda a avoir une vue globale de l’état de la recherche sur le sujet. Alors n’hésitez pas à partager cette recherche dans votre réseau.

Amine Abdaoui
Data Scientist
Geotrend

Laisser un commentaire

Votre adresse de messagerie ne sera pas publiée. Les champs obligatoires sont indiqués avec *

Ce site utilise Akismet pour réduire les indésirables. En savoir plus sur comment les données de vos commentaires sont utilisées.